Era filho de Lourival Faria e Othília Rotunno Faria, ambos de antigas famílias daquela região. Werter Faria passou a infância e juventude na propriedade rural dos pais, em Dom Pedrito (RS), tendo criado fortes vínculos afetivos com os cenários e os habitantes daquela região fronteiriça, que sempre considerou sua própria querência.
Werter Faria concluiu o curso ginasial no tradicional Colégio Nª. Sª. Auxiliadora, dos padres Salesianos, em Bagé, em 1943. Vindo para Porto Alegre, cursou o segundo grau no Colégio Júlio de Castilhos, onde conclui o curso clássico em 1946.
No ano seguinte, prestou exame vestibular e ingressou na Faculdade de Direito da UFRGS. Durante seus primeiros anos acadêmicos Werter Faria participou ativamente da política universitária e também partidária, uma vez que suas origens regionais e tradições familiares o vinculavam fortemente ao Partido Libertador, de que chegou a ser secretário geral.